MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 chromosome

Total Repeats: 9824

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010117	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010117	G	6	6	1628	1633	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010117	AGA	2	6	3961	3966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010117	TCC	2	6	6558	6563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_010117	ACCC	2	8	6709	6716	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
6	NC_010117	A	7	7	6762	6768	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010117	AGCGA	2	10	8078	8087	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010117	CAT	2	6	8108	8113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010117	TCGCT	2	10	8128	8137	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010117	TACTT	2	10	8147	8156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010117	CCCA	2	8	8183	8190	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_010117	TAA	2	6	8191	8196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010117	CCCT	2	8	11857	11864	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
14	NC_010117	TAG	2	6	12387	12392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010117	AAT	2	6	12403	12408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010117	AAAT	2	8	12467	12474	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010117	TAT	2	6	12513	12518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010117	TTTCG	2	10	12556	12565	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010117	TTAG	2	8	13110	13117	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010117	G	6	6	14303	14308	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010117	ATC	2	6	18461	18466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010117	A	6	6	18817	18822	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010117	TTC	2	6	18846	18851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010117	TCT	2	6	18856	18861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010117	TGATT	2	10	18862	18871	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010117	TAG	2	6	18873	18878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010117	GAG	2	6	18893	18898	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010117	T	8	8	18907	18914	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010117	GTGG	2	8	19006	19013	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010117	ACGAA	2	10	19017	19026	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010117	TTC	2	6	19095	19100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010117	TAG	2	6	19105	19110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010117	A	8	8	19308	19315	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010117	TTC	2	6	19350	19355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010117	T	6	6	19369	19374	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010117	GATC	2	8	19388	19395	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010117	CTA	2	6	19406	19411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010117	AG	3	6	19430	19435	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010117	TCTT	2	8	19458	19465	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_010117	CAT	2	6	19482	19487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010117	CT	3	6	19516	19521	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010117	TCT	2	6	19726	19731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010117	ACCC	2	8	19758	19765	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
44	NC_010117	TTC	2	6	19776	19781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010117	ATAA	2	8	19863	19870	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010117	TTGT	2	8	20108	20115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010117	TAG	2	6	20153	20158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010117	GACAA	2	10	20173	20182	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_010117	A	7	7	20265	20271	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010117	AGAACA	2	12	20293	20304	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_010117	GAA	2	6	20315	20320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010117	TCG	2	6	20331	20336	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010117	ATT	2	6	20342	20347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010117	AAT	2	6	20351	20356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010117	ATTC	2	8	20374	20381	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_010117	GGC	2	6	20475	20480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010117	TTACT	2	10	20492	20501	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010117	CAT	2	6	21775	21780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010117	TCG	2	6	21875	21880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010117	AAG	2	6	21902	21907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010117	A	6	6	23293	23298	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010117	GTT	2	6	23304	23309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010117	TTC	2	6	23339	23344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010117	TAC	2	6	23347	23352	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010117	GAC	2	6	23373	23378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010117	GGGT	2	8	23404	23411	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010117	AG	3	6	23461	23466	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010117	TTA	2	6	23481	23486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010117	ATGA	2	8	23568	23575	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010117	T	6	6	23641	23646	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010117	ATCC	2	8	23666	23673	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_010117	T	6	6	24711	24716	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010117	GCA	2	6	24739	24744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010117	A	6	6	24751	24756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010117	A	7	7	24772	24778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010117	ATT	2	6	24817	24822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010117	AAAAT	2	10	24825	24834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010117	GTG	2	6	24854	24859	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010117	TTATT	2	10	24897	24906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010117	CA	3	6	24936	24941	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_010117	AGA	2	6	24942	24947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010117	A	6	6	24988	24993	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010117	AAT	2	6	24997	25002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010117	GGCT	2	8	25036	25043	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010117	CGA	2	6	25101	25106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_010117	ATT	2	6	25124	25129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010117	AGA	2	6	25155	25160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010117	CCT	2	6	25177	25182	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_010117	GCTT	2	8	25243	25250	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010117	AAG	2	6	25274	25279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010117	TTGGT	2	10	25313	25322	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010117	GCA	2	6	25381	25386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010117	GAA	2	6	25393	25398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010117	GAA	2	6	25408	25413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010117	CT	3	6	25444	25449	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_010117	TGA	2	6	25464	25469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010117	CTC	2	6	25470	25475	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_010117	CGCACC	2	12	25500	25511	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_010117	GCAG	2	8	28599	28606	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_010117	T	6	6	28610	28615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010117	AATTTG	2	12	28616	28627	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010117	GTT	2	6	28673	28678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010117	TAA	2	6	28687	28692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010117	TAA	2	6	28699	28704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010117	GAA	2	6	28731	28736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010117	TTA	2	6	29753	29758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010117	A	6	6	29790	29795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010117	ATT	2	6	29804	29809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010117	TAA	2	6	29833	29838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010117	CGAAA	2	10	29848	29857	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010117	AAC	2	6	29866	29871	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010117	TGA	2	6	29878	29883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010117	TAA	2	6	29919	29924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010117	CAG	2	6	29931	29936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_010117	TTGGA	2	10	29961	29970	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010117	GA	4	8	29975	29982	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010117	AATT	2	8	30044	30051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010117	GCTT	2	8	30078	30085	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_010117	AT	3	6	30112	30117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010117	ATA	2	6	30145	30150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010117	GAT	2	6	31232	31237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010117	TTG	2	6	32338	32343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010117	AAG	2	6	32353	32358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010117	A	6	6	32407	32412	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010117	AGG	2	6	32487	32492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010117	AAAC	2	8	34833	34840	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_010117	A	6	6	35719	35724	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010117	GTT	2	6	35752	35757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010117	T	7	7	35756	35762	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010117	A	6	6	35913	35918	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010117	CCCG	2	8	35928	35935	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
132	NC_010117	GAT	2	6	35978	35983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010117	ATT	2	6	38181	38186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010117	T	6	6	38185	38190	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010117	TGT	2	6	38223	38228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010117	AGAGG	2	10	38245	38254	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010117	ATT	2	6	38263	38268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010117	A	6	6	38283	38288	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010117	ATA	3	9	38296	38304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010117	AAGA	2	8	38308	38315	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010117	T	7	7	38350	38356	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010117	T	6	6	38421	38426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010117	AAT	2	6	38467	38472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010117	T	7	7	38522	38528	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010117	TTG	2	6	38544	38549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010117	TCA	2	6	38609	38614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_010117	GAG	2	6	38684	38689	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010117	ATC	2	6	38704	38709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010117	CTC	2	6	38740	38745	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_010117	TTTAG	2	10	38765	38774	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010117	TCA	2	6	38775	38780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_010117	CGG	2	6	38815	38820	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_010117	T	7	7	38863	38869	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_010117	TAAT	2	8	38871	38878	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_010117	TAATT	2	10	38902	38911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_010117	CTTT	2	8	39234	39241	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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171	NC_010117	C	6	6	39793	39798	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
172	NC_010117	TTG	2	6	39813	39818	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
173	NC_010117	AAT	2	6	39864	39869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_010117	T	6	6	39930	39935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_010117	T	9	9	41956	41964	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_010117	GAT	2	6	41966	41971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_010117	T	6	6	41973	41978	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_010117	GC	4	8	42067	42074	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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187	NC_010117	CAA	2	6	42180	42185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_010117	TCT	2	6	42271	42276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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193	NC_010117	ATC	2	6	42349	42354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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294	NC_010117	TTG	2	6	55784	55789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
295	NC_010117	AAGG	2	8	55909	55916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
296	NC_010117	G	7	7	55915	55921	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
297	NC_010117	ATTA	2	8	56089	56096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_010117	G	6	6	56136	56141	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
299	NC_010117	AAG	2	6	56256	56261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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416	NC_010117	TTTA	2	8	98772	98779	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
417	NC_010117	GA	3	6	98785	98790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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419	NC_010117	CGGT	2	8	98864	98871	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
420	NC_010117	A	7	7	98918	98924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
421	NC_010117	ATC	2	6	99003	99008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
422	NC_010117	GT	3	6	99068	99073	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
423	NC_010117	AAATT	2	10	99113	99122	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
424	NC_010117	CCA	2	6	99167	99172	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
425	NC_010117	AT	3	6	99196	99201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
426	NC_010117	AAT	2	6	100174	100179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
427	NC_010117	T	6	6	100203	100208	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
428	NC_010117	TG	3	6	100250	100255	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
429	NC_010117	GAG	2	6	100283	100288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
430	NC_010117	CCT	2	6	107423	107428	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
431	NC_010117	ATT	2	6	107627	107632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_010117	TGA	2	6	107640	107645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
433	NC_010117	AC	3	6	107654	107659	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
434	NC_010117	ACCC	2	8	107708	107715	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
435	NC_010117	A	7	7	107761	107767	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_010117	TCC	2	6	109194	109199	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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441	NC_010117	TTAA	2	8	111046	111053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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458	NC_010117	ATT	2	6	124236	124241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
459	NC_010117	CCT	2	6	124248	124253	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
460	NC_010117	AAC	2	6	125672	125677	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
461	NC_010117	GCG	2	6	127675	127680	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
462	NC_010117	AATT	2	8	127725	127732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
463	NC_010117	AAG	2	6	127878	127883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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465	NC_010117	TCC	2	6	127930	127935	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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471	NC_010117	CGAG	2	8	128236	128243	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
472	NC_010117	CGG	2	6	128246	128251	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
473	NC_010117	TGA	2	6	128296	128301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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475	NC_010117	TTAT	2	8	128369	128376	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
476	NC_010117	GCC	2	6	128436	128441	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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479	NC_010117	TAC	2	6	128596	128601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
480	NC_010117	TTA	2	6	128637	128642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
481	NC_010117	TCCT	2	8	128665	128672	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
482	NC_010117	TTC	2	6	128686	128691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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487	NC_010117	T	6	6	130233	130238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
488	NC_010117	TAT	2	6	130257	130262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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